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来看看国外大神如何把DNA片段化整合到NGS全自动化中

版权所有,转载请联系基因市场部
2019-03-29

要找到一个DNA片段化效果均一性好,集中无偏差,适合不同种类样品的DNA片段化系统,整合到NGS全自动化流程中,无疑是工程师们一大挑战。那来自ARUP Laboratories的工程师们是如何找到解决方案的呢?

视频中,来自ARUP Laboratories的工程师叙述了如何通过和Covaris的科学家们合作,把DNA片段化天衣无缝整合到NGS全自动化中。

 

挑战1:如何把机械臂和CovarisDNA片段化整合起来,实现自动化?

解决方案:为了实现自动化,CovarisLE220R-Plus设计成了开放式的,机械臂可以伸入仪器,实现与liquid handler的整合。另外为了安全起见,开口两边还安装了传感器,片段化过程中如不慎伸手进去了,机器会停止运作,以防意外发生。

1LE220R-Plus仪器示意图。跟其他型号不同,LE220R-Plus设计为开放式,玻璃门设有开口,可让机械臂伸入。


挑战2:如何降低仪器维护频率,把每天的仪器维护改成一个月维护一次?

解决方案:系统配套的水浴循环系统(Water Conditioning System, WCS)不断地过滤和更换水浴中的水,能帮助去除水中污染物,保持水浴干净,不用频繁换水。


挑战3:如何避免移动仪器,不用手动即让仪器自动完成储水池加水?

解决方案:仪器控制软件Sonolab新添加了一个自动加水模块,只要仪器有连接水源,它在预约时间会自动加水,排气,大约45分钟-1小时即可完成。另外水位也是通过仪器自动控制,不需肉眼判断,大大降低了人为误差。

 

总结:

·         在诊断实验室中,DNA片段化遇到的挑战包括不同类型的样品差异性较大,而且数量多;

·         如何成功地建立DNA片段化的自动化系统的应考虑以下因素:重复性,灵活性,机械化和自动化的可能性,和是否易于操作;

·         LE220R-Plus所提供的灵活性和结果可重复性让ARUP LaboratoriesDNA片段化整合到NGS自动化中成为可能。

 

LE220R-Plus

NGS全自动化中不可缺少的DNA打断解决模块

图二:LE220R-Plus整合到NGS自动化流程中。

 

Covaris超声处理系统在DNA片段化,文库构建方面已风靡全球。Covaris采用高频率短波长的医用级别超声波,超声能量强,作用彻底。与所有传统的基于超声的样本处理方法不同,Covaris采用聚焦超声技术,仪器与样本不直接进行接触,不存在交叉污染可能。球型换能器产生的超声波可聚焦作用于样本,能量利用率极高,方向和力度精准可控,处理重复性好。


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